La Grande île est renommée pour la richesse de sa biodiversité, dont la plupart est endémique au pays. Elle est observée en raison de la recrudescence des exploitations illégales de bois précieux.

La biodiversité, qu’elle soit animale, végétale ou microbienne, doit donc être considérée comme une ressource biologique en interaction directe avec un environnement plus ou moins dégradé, anthropisé ou non. De ce fait, sur la planète, des sites remarquables du point de vue de la biodiversité, des “hot-spots” de diversité, font l’objet d’un très net regain d’intérêt. Il est important, et ce dès maintenant, d’étudier au mieux cette biodiversité de façon à concevoir des concepts, des méthodes et des outils qui permettront de gérer, valoriser et conserver cette richesse naturelle dans le cadre défini par la Convention sur la Diversité Biologique (CBD). Les champs thématiques ainsi concernés sont nombreux, incluant notamment, l’écologie, l’évolution, la systématique, l’éthologie, l’écophysiologie, l’ethnologie, la paléontologie, l’océanographie, l’agronomie / l’agro-alimentaire et la santé environnementale…

Madagascar est caractérisée, de par son contexte particulier, par son taux d’endémisme, c’est à dire par la quantité d’espèces qui, parmi toutes les espèces présentes à Madagascar, n’existent nulle part ailleurs dans le monde.

Macro-endémisme tout d’abord, puisque 75% de toutes les espèces connues à Madagascar, ne se trouvent qu’à Madagascar. Ce taux d’endémisme atteint 90% et plus, non seulement chez les vertébrés comme les mammifères, oiseaux, reptiles, amphibiens, pour les plantes à fleurs mais aussi parmi les invertébrés avec pour exemple marquant un taux d’endémisme de 97% chez les mollusques continentaux.

En outre, les espèces au sein de ces différents groupes présentent des aires de répartition restreintes à différents écosystèmes spécifiques de Madagascar, et ne sont ainsi pas représentées sur tout le territoire malgache. Ce micro-endémisme est remarquable notamment pour les lémuriens avec ~70 espèces et sous-espèces majoritairement micro-endémiques.

Par ailleurs, parmi ces 70 espèces de lémuriens, 21 espèces ont été décrites sur la dernière décennie et une douzaine est en attente de description. Et, depuis le début des années 90, 111 espèces d’amphibiens ont été découvertes et décrites, sur les 244 actuellement connues de Madagascar. Un taux de découvertes trois fois supérieur à celui enregistré au niveau mondial pour ce groupe.

En outre, une étude récente a montré que la richesse spécifique en amphibiens malgaches atteindrait 465 espèces, presque le double de ce qui est actuellement connu.

Ce taux d’accroissement des connaissances indique que l’inventaire actuel de la biodiversité malgache ne reflète qu’une fraction de la réalité biologique. Et si l’on considère que les vertébrés ne représentent que 2,7% de la biodiversité de la faune planétaire, il est raisonnable de penser qu’il existe un réservoir important de découvertes parmi les invertébrés. Les découvertes sont à attendre principalement parmi les insectes, arachnides, mollusques et nématodes et dans les écosystèmes peu étudiés car difficilement accessibles pour diverses raisons : économique, politique, pénibilité ou dangerosité des milieux, etc.

Les processus écologiques et la diversité biologique de Madagascar constituent pourtant des atouts économiques de première importance. La protection des écosystèmes naturels permet le maintien des fonctions écologiques primaires, comme la restitution progressive et continue de l’eau. La protection des sols qui en découle évite le cortège de problèmes qui affectent maintenant de façon chronique l’économie du pays comme l’ensablement des périmètres agro-rizicoles, des infrastructures portuaires, des infrastructures hydroélectriques, les affaissements routiers…

Cependant, le patrimoine naturel unique de Madagascar est sévèrement menacé de disparition. La forêt naturelle qui couvrait originellement la majeure partie de l’île qui disparaît très rapidement. Cette biodiversité exceptionnelle est actuellement menacée par de nombreuses pressions d’origine humaine. Une des plus fréquentes est la déforestation. Elle est produite par la pratique ancestrale des cultures sur brûlis, des coupures des bois pour des usages domestiques ou industrielles, de la conversion des différents écosystèmes en surfaces cultivables, ainsi que d’autres exploitations forestières. Par conséquent, cette déforestation interminable menace directement ou indirectement les écosystèmes. Par ailleurs, la déforestation laisse derrière elle des sols nus et fragiles: les “lavaka”. L’érosion qui s’ensuit est extrêmement importante, entraînant une dégradation importante des milieux lacustres, côtiers et marins qui par ailleurs sont déjà soumis à des fortes pressions de transformations à des fins agricoles et à une exploitation excessive. 

Malheureusement, cette biodiversité exceptionnelle fait face à de nombreuses menaces.

La croissance démographique constitue un facteur d’aggravation sérieux pour la situation de l’environnement. En effet, le niveau de pauvreté de la population contraint les habitants à avoir recours aux ressources naturelles de façon destructrice en privilégiant le court terme au détriment d’une utilisation rationnelle qui revêt un caractère durable.